În cadrul SUERD s-a instituit președinția rotativă drept cadru de guvernanță, iar din anul 2015 asigurarea coordonării curente a Strategiei UE pentru Regiunea Dunării se realizează prin intermediul Troicii (Trio-ului de Președinții). Aceasta este formată din Coordonatorii Naționali ai președințiilor trecute, actuale și viitoare, fiind condusă în prezent de România, alături de Bulgaria și Croația.

Președinția SUERD a fost deținută, până în prezent, de următoarele state/landuri federale ale Germaniei, astfel: Landul Baden-Württemberg (2014-2015); Slovacia (2015-2016); Ungaria (2016-2017). În luna octombrie 2017, Bulgaria a preluat președinția SUERD pentru o perioadă de un an. De la 1 noiembrie 2018, România exercită președinția SUERD pentru o perioadă de un an.

Pe perioada mandatului Președinției Austriei la Consiliul Uniunii Europene, care s-a suprapus parțial cu Președinția României la SUERD, a fost organizată o reuniune a miniștrilor transporturilor din statele SUERD și un eveniment dedicat dezvoltării cooperării între actorii sociali și mediul privat, bănci și agenți economici (Forumul Economic Dunărean).

Președinția ungară a SUERD (2017) s-a concentrat pe promovarea mai multor priorități legate de securitatea energetică, infrastructură și conectivitate în regiunea Dunării.

Președinția bulgară la SUERD (2018) a avut ca teme prioritare: turismul durabil, conservarea patrimoniului și a infrastructurii culturale și rolul acestora în dezvoltarea economică în cadrul acestui format de cooperare regională. Pe durata președinției Bulgariei la SUERD, a fost lansat procesul de actualizare a Planului de Acțiune SUERD și organizată o reuniune ministerială, fiind adoptată o declarație a miniștrilor de resort pentru promovarea turismului și patrimoniului cultural în regiunea Dunării.
Cea de-a 7-a ediție a Forumului Anual SUERD a avut loc în perioada 18-19 octombrie 2018, la Sofia și a fost organizată de Președinția bulgară a SUERD în parteneriat cu Comisia Europeană. Finalul evenimentului a fost marcat de ceremonia de preluare a președinției rotative a Strategiei Uniunii Europene pentru Regiunea Dunării de către România. Ministrul adjunct bulgar pentru Dezvoltare Regională și Lucrări Publice a oferit ministrului delegat pentru afaceri europene al României – „Cârma” simbolul mandatului pe care țara noastră îl exercită efectiv între 1 noiembrie 2018 și 30 octombrie 2019.
România va găzdui în perioada 27-28 iunie 2019, la Palatul Parlamentului din București, cea de-a 8-a ediție a Forumului Anual SUERD, devenind astfel al doilea stat (după Germania) căruia îi revine responsabilitatea de a organiza două ediții ale Forumului de la înființarea Strategiei în anul 2011. Astfel, România își va aduce contribuția la consolidarea mecanismelor SUERD și la relansarea Strategiei Dunării prin promovarea la nivel european a priorităților de dezvoltare la nivel macro-regional.